Το 51% των κονδυλίων του Ταμείου Ανάκαμψης, δηλαδή περίπου 6,5 δισ. ευρώ, συνδέεται με έργα ή άλλα προγράμματα του υπουργείου Περιβάλλοντος και Ενέργειας (ΥΠΕΝ) και έργα της λεγόμενης ψηφιακής μετάβασης. Τα τελευταία έχουν ως πυρήνα το υπουργείο Ψηφιακής Διακυβέρνησης, αλλά στην πραγματικότητα είναι διασκορπισμένα σε πλήθος υπουργείων και φορέων. Όσοι παρακολουθούν την εξέλιξη του Ταμείου Ανάκαμψης υποστηρίζουν πως ακριβώς γι’ αυτούς τους δύο τομείς υπάρχουν και οι μεγαλύτερες ανησυχίες.
Στην περίπτωση του ΥΠΕΝ η πολύμηνη ενεργειακή κρίση έχει στρέψει τον περιορισμένης δυναμικότητας μηχανισμό του υπουργείου προς την ακρίβεια. Έτσι καθυστερεί σημαντική προετοιμασία κρίσιμων προγραμμάτων που ξεκινούν από την εξοικονόμηση ενέργειας σε κτίρια και φτάνουν μέχρι την ηλεκτροκίνηση. Όπως αναφέρουν πηγές που γνωρίζουν το θέμα, «πρόκειται για δράσεις που εξαγγέλλονται ξανά και ξανά χωρίς να υλοποιούνται» αφού για να προχωρήσουν απαιτείται η ανάπτυξη τεχνολογικών συστημάτων (π.χ. για να υποδέχονται τις αιτήσεις ενδιαφερομένων), οδηγών προγραμμάτων, κ.λπ. Καθυστερήσεις καταγράφονται και σε έργα που έχουν ξεκινήσει όπως τα τοπικά πολεοδομικά σχέδια, το πρόγραμμα "Πράσινα Ταξί" για αντικατάσταση χιλιάδων παλαιών και ρυπογόνων οχημάτων, κ.λπ».
Το ΥΠΕΝ έχει βέβαια και μερικές επιτυχίες όπως το σχέδιο προστασίας των δασών (καθαρισμός, ζώνες πυροπροστασίας, κ.λπ.) που έχει ανατεθεί στον μηχανισμό προώθησης έργων του ΤΑΙΠΕΔ και προχωρά γρήγορα. Σε γενικές γραμμές, όμως, υπάρχει μεγάλη ανησυχία για το αν το υπουργείο μπορεί να ανταποκριθεί στα ασφυκτικά χρονοδιαγράμματα του Ταμείου Ανάκαμψης όταν σχεδόν σύσσωμος ο επιτελικός μηχανισμός ασχολείται με την αντιμετώπιση της ακρίβειας στην ενέργεια. Το ΥΠΕΝ καλείται να προχωρήσει και σε σειρά νομοθετημάτων, που επίσης αποτελούν δεσμεύσεις για το Ταμείο Ανάκαμψης, από το νέο πλαίσιο αδειοδότησης των Ανανεώσιμων Πηγών Ενέργειας (ΑΠΕ) που είναι σε δημόσια διαβούλευση, μέχρι τη νέα ρυθμιστική αρχή υδάτων και απορριμμάτων.
Στα έργα τεχνολογικού εκσυγχρονισμού του Δημοσίου, το υπουργείο Ψηφιακής Διακυβέρνησης δίνει συνεχείς αγώνες με πλήθος κρατικών φορέων προκειμένου να προετοιμάσουν τεχνικά δελτία (πρέπει να κατατεθούν στο υπουργείο Οικονομικών ώστε να ενταχθούν και τυπικά τα έργα στο Ταμείο Ανάκαμψης) και να προετοιμάσουν διαγωνισμούς. Τα περιθώρια σε κρίσιμα τεχνολογικά έργα, όπως η ψηφιοποίηση εκατοντάδων εκατομμυρίων χάρτινων σελίδων (κτηματολόγιο, οικοδομικές άδειες, νοσοκομεία, κ.α.), είναι ασφυκτικά. Και ήδη κάποιοι διαγωνισμοί (όπως αυτός για τις οικοδομικές άδειες, ύψους 235 εκατ. ευρώ) έχουν εμπλακεί σε δικαστικές προσφυγές.
Στο υπουργείο έχουν επιστρατεύσει την κρατική Κοινωνία της Πληροφορίας ΑΕ (ΚτΠ ΑΕ) η οποία σχεδιάζει προγράμματα και προωθεί διαγωνισμούς για λογαριασμό υπουργείων. Όμως, πρέπει να πεισθούν οι υπουργοί πως αξίζει να αφιερώσουν χρόνο για έργα που έχουν διάρκεια πέραν της τετραετίας, εκτείνονται δηλαδή σε χρονικό διάστημα που ξεπερνά τη θητεία τους.