Η χαρτογράφηση των ελληνικών εκδοτικών οίκων που λειτουργούν υπό την αιγίδα ιδρυμάτων αποκαλύπτει ένα πολύπλευρο τοπίο με διαφορετικούς πολιτιστικούς, μορφωτικούς και καλλιτεχνικούς στόχους. Στον χώρο αυτό, η εκδοτική δραστηριότητα δεν υπακούει αποκλειστικά στις απαιτήσεις της αγοράς, αλλά στηρίζει την έρευνα, τη δημόσια παιδεία, τη διατήρηση της ιστορικής μνήμης και την προώθηση της ελληνικής γραμματείας. Αυτή η προσέγγιση παρουσιάστηκε στο πρώτο μέρος της περιήγησης του ΑΠΕ-ΜΠΕ στο εκδοτικό τοπίο των ελληνικών ιδρυμάτων, ενώ η εξερεύνηση συνεχίζεται, αποτυπώνοντας το οικοσύστημα εκδόσεων που ανήκουν σε θεσμικούς φορείς.
Το Πολιτιστικό Ίδρυμα Ομίλου Πειραιώς (ΠΙΟΠ) διακρίνεται για τις εκδόσεις του που καλύπτουν θεματικές όπως αρχιτεκτονική, μουσειολογία, οικονομική και κοινωνική ιστορία, περιβάλλον και πολιτισμός. Με περίπου 180 τίτλους, το ΠΙΟΠ αποτελεί έναν από τους βασικότερους παραγωγούς επιστημονικών και πολιτιστικών εκδόσεων, περιλαμβάνοντας πρωτότυπες μελέτες, μεταφράσεις, επανεκδόσεις και πρακτικά συνεδρίων. Επιπλέον, δίνει ιδιαίτερη έμφαση στην αισθητική, τη σαφή εικονογράφηση και την τεκμηρίωση των εκδόσεων, ενώ προσφέρει και παιδικά βιβλία που εισάγουν τους νέους στην πολιτιστική κληρονομιά.
Το Ίδρυμα Μείζονος Ελληνισμού επικεντρώνεται σε εκδόσεις που στηρίζουν τις ερευνητικές και πολιτιστικές του δράσεις, με βασικούς άξονες την ιστορία του ελληνισμού, τη διασπορά, την αρχαιολογία και την ψηφιακή τεκμηρίωση. Οι εκδόσεις του συχνά πλαισιώνουν τις εκθέσεις και τις ψηφιακές εφαρμογές του Κέντρου Πολιτισμού «Ελληνικός Κόσμος».
Στον τομέα της φυσικής ιστορίας, οι εκδόσεις του Μουσείου Γουλανδρή Φυσικής Ιστορίας καλύπτουν θεματικές όπως βιολογία, γεωλογία, οικολογία και περιβαλλοντική εκπαίδευση. Με πλούσιο φωτογραφικό υλικό και επιστημονική εγκυρότητα, αποτελούν σημαντικά εργαλεία για εκπαιδευτικούς και ερευνητές.
Το Ίδρυμα Βουδούρη, σε συνεργασία με το Μουσείο Μπενάκη, εστιάζει σε εκδόσεις σχετικές με την ελληνική μουσική παράδοση, τη βυζαντινή μουσική, τη λαογραφία και τη μουσικολογική έρευνα.
Το Ίδρυμα Θεοχαράκη παράγει καταλόγους εκθέσεων, μονογραφίες καλλιτεχνών και δοκίμια για τη σύγχρονη τέχνη, δίνοντας έμφαση στην εικονογράφηση και την καλλιτεχνική επιμέλεια.
Το Μορφωτικό Ίδρυμα Εθνικής Τραπέζης (ΜΙΕΤ) ξεχωρίζει για τις φιλολογικές, ιστορικές και καλλιτεχνικές του εκδόσεις. Οι φιλολογικές εκδόσεις περιλαμβάνουν κριτικές εκδόσεις νεοελληνικών κειμένων και αρχειακό υλικό, με τη σειρά «Κείμενα και Μελέτες» να αποτελεί σημείο αναφοράς. Στον ιστορικό τομέα, το ΜΙΕΤ αξιοποιεί σημαντικά αρχεία και εκδίδει έργα με πρωτογενές υλικό, ενώ οι εκδόσεις τέχνης χαρακτηρίζονται από υψηλή αισθητική και προσεγμένη τυπογραφία.
Επιπλέον, το ΜΙΕΤ έχει επενδύσει στη μετάφραση θεμελιωδών θεωρητικών έργων στους τομείς της φιλοσοφίας, κοινωνικής θεωρίας, ιστορίας της τέχνης και πολιτισμικών σπουδών, με ιδιαίτερη προσοχή στην επιστημονική ακρίβεια και την εισαγωγική τεκμηρίωση.